且说毛泽东在一九二九年四月与彭德怀“第二次握手”之后，不久便“第二次分手”。五月十九日，毛泽东、朱德率红四军二入闽西。毛泽东看中闽西，那是不久前得到了来自闽西的一封信。他看罢来信，当即提笔复函，告知红四军将向闽西挺进……
毛泽东率部下了井冈山之后，进入闽西，一位三十多岁的男子曾从上杭县城北上，前往长汀县城寻找他。可是，这位男子走到半途，听说红四军已离开那里到江西去了，只得非常遗憾半途而返。此人名叫邓子恢，福建龙岩县人，曾留学日本，一九二六年加入中国共产党。一九二八年春，邓子恢在家乡龙岩县组织起义。不久，邻县永定县也发生暴动，领导人名叫张鼎丞。邓子恢遂率部与张鼎丞部合并，成立了一个独立营，张鼎丞任营长，邓子恢为党代表。这样，在闽西便冒出了一支工农红军。听说毛泽东率红四军入闽，邓子恢当然赶紧去找毛泽东。可惜，晚了一步。 不久，邓子恢代表中共闽西特委给毛泽东写了长信，报告了这里的情况，派专人送往瑞金。毛泽东得知，这里有“独立营”，永定有“铁血团”，龙岩有秘密农会，会员们有“三毛钱的驳壳”(插在绑腿里的小匕首)，便决定在这里开辟新的根据地……“欢迎红军来龙岩，打倒陈国辉!”当毛泽东率部进入闽西，那里便贴出了这样的标语。陈国辉，是驻守那里的国民党旅长。闽军不堪一击。红四军入闽才几天工夫，就打下了龙岩县城和永定县城，一举歼灭陈国辉旅三千多人。旅长陈国辉带着几十个随从落荒而逃。
毛泽东欣然命笔，写下《清平乐·蒋桂战争》一词：
风云突变，
军阀重开战。
洒向人间都是怨，
一枕黄粱再现。
红旗跃过汀江，
直下龙岩上杭。
收拾金瓯一片，
分田分地真忙。
正在这“红旗跃过汀江”的时候，毛泽东又经历了一番政治危机：毛泽东失去了他最为重要的职务——红四军前敌委员会书记!那时，按照“党指挥枪”的原则，前敌委员会书记是红四军的最高领导。毛泽东失去了这一职务，意味着他失去了对红四军的领导权!那是一九二九年六月二十二日，中共红四军第七次代表大会在福建龙岩召开， 有人指责毛泽东搞“家长制”，要求更换前敌委员会书记的人选……打从中共中央“二月来信”在红四军中传达之后，便有人利用“二月来信”要求朱、毛离开红四军，希望毛泽东交出军权。
五月，刚从苏联回来的刘安恭，出任红四军临时军委书记兼政治部主任。他对情况很不熟悉，军内不服，引起党与军队之间的关系紧张。这样，红四军内出现反对中共领导军队的倾向，反对前委集中领导军队的倾向。六月八日在闽西长汀白沙召开的前委扩大会议上，决定取消临时军委。这样，反对毛泽东的呼声，越发高涨。
于是，在红四军内部，对于红军的领导方法和建军原则，产生了严重的分歧。就连朱德和毛泽东，对这些问题的看法也并不一致。争论的焦点是究竟在红军中实行“由上而下的家长制”，还是“由下而上的民主制”。毛泽东的领导，被认为是“家长制”。激烈的争论导致了匆忙召开中共红四军“七大”。由于朱德是争论的一方，会议由陈毅主持。匆忙的会议导致了草率的结果：在重新选举前敌委员会书记时，毛泽东落选了!谁被选为前敌委员会的新书记呢?陈毅!于是，毛泽东被调离部队，带领谭震林、蔡协民、江华、曾志等到中共闽西特委指导地方工作，住在上杭县蛟洋。对于毛泽东来说，他被迫离开由他一手创建的红四军，比上一回被“开除党籍”更为严峻——因为他被“开除党籍”之后，毕竟还担任师长。
祸不单行。福建山区的疟蚊，也猛烈地攻击了毛泽东，使他患上恶性疟疾。在缺医少药的那个年月，毛泽东一病数月，甚至一度病危，徘徊在死亡线上!他一会儿如同步行在酷热的撒哈拉沙漠，一会儿又如同跌进北极的冰天雪地。
他急需治疗疟疾的特效药奎宁。在闽西山区，弄不到这种药，于是派了两个地下交通员到上海为毛泽东买药。在归途中，其中一个地下交通员被捕，掉了脑袋。另一个地下交通员经历千辛万苦，总算把白色的奎宁丸送到毛泽东手中——这时，毛泽东已被疟疾折腾得死去活来!落选和患病，这双重打击把毛泽东推向政治生涯的低谷。这消息辗转传到莫斯科，居然误传为毛泽东病死!一九三○年三月二十日共产国际公报《国际新闻通讯》(英文版)，误登讣告，说毛泽东在福建死于肺病，指出：“毛泽东同志是被称之为朱毛红军的政治领袖。”“中国的工农群众将永远铭记他的业绩，并将完成他未竟的事业。”好在毛泽东是一个豁达的人，能够承受这双重的压力。后来，在中共“八大”预备会议第二次全体会议上，他这么谈及：
我想同志们中间可能也有多多少少受过冤枉受过委屈的。对于那些冤枉和委屈，对于那些不适当的处罚和错误的处置(如把自己打成什么“机会主义”，撤销自己的职务，调离自己的职务等等)，可以有两种态度。一种态度是从此消极，很气愤，不满意；另一种态度是把它看作一种有益的教育，当作一种锻炼。你晓得，这个世界就是这么个世界，要那么完全公道是不可能的，现在不可能，永远不可能……《党的文献》，一九九一年第三期。